建立健全研发费用辅助账：设立专门的研发费用辅助账，对每一笔研发支出进行详细记录，包括费用的类型、金额、所属项目、发生时间等信息。这有助于企业在财务报表、审计报告和纳税申报表中准确归集和核算研发费用，减少因数据统计口径不一致导致的差异。同时，辅助账还可以作为企业研发费用核算的备查资料，为税务机关和其他相关方的检查提供依据。

加强与中介机构的沟通：在申报高新技术企业之前，企业应提前与会计师事务所、税务师事务所等中介机构进行充分沟通，了解其在审计和税务处理上的要求和方法，确保财务报表、审计报告和纳税申报表中的研发费用数据能够相互衔接和匹配。中介机构也可以凭借其专业经验和知识，为企业提供合理的建议和指导，帮助企业规范研发费用的核算和申报。

统一研发费用核算标准：企业应制定统一的研发费用核算标准和流程，明确研发费用的归集范围、分配方法、跨期核算等具体要求，并在企业内部严格执行。这可以避免不同部门或人员在核算研发费用时出现不一致的情况，提高研发费用数据的准确性和一致性。同时，企业还应定期对研发费用核算标准进行评估和修订，以适应企业的发展变化和相关政策的调整。

进行内部培训和学习：组织企业财务人员、研发人员等相关人员参加内部培训和学习活动，使其熟悉高新技术企业申报中有关研发费用的规定和要求，掌握正确的研发费用核算方法和申报流程。通过培训和学习，提高企业内部人员的专业素质和业务水平，减少因人为因素导致的差异。

在差异分析与调整方面：如果发现财务报表、审计报告和纳税申报表中研发费用数据存在差异，企业应及时进行差异分析，找出差异的原因，并根据具体情况采取相应的调整措施。对于会计准则与税收政策差异导致的差异，企业应在纳税申报时按照税收政策进行调整，同时在财务报表中进行披露；对于跨期核算差异，企业应调整相关期间的研发费用，确保研发费用的核算符合会计准则和税收政策的要求。