高新技术企业申报中的研发费用核对是一项关键且复杂的工作，需要确保财务报表、审计报告和纳税申报表中相关数据的一致性和准确性。

会计准则与税收政策的差异：会计准则和税收政策对研发费用的归集范围、扣除标准、折旧摊销方法等方面规定不同。例如，会计准则允许将研发费用资本化，而税收政策一般要求费用化；在折旧方面，会计准则和税收政策对固定资产折旧的年限、方法、残值率等规定存在差异，这些差异会导致同一研发项目在会计和税务处理上产生不同的费用金额，从而影响财务报表和纳税申报表中的研发费用数据。

研发费用的跨期核算差异：由于会计年度和税务年度的划分，一些研发项目可能跨越多个会计年度和税务年度，这就涉及到研发费用的跨期核算问题。如果企业在不同期间对研发费用的核算方法不一致，或者在跨期分摊时出现错误，就可能导致财务报表、审计报告和纳税申报表中的研发费用数据不一致。

费用分配方法的不一致：在存在多项研发项目或研发与非研发活动共同使用资源的情况下，需要将相关费用在不同项目或活动之间进行分配。如果企业在财务报表、审计报告和纳税申报表中采用的费用分配方法不一致，或者分配标准不明确、不合理，就会导致研发费用的分摊金额存在差异。

数据统计口径的差异：财务报表、审计报告和纳税申报表中研发费用的数据来源和统计口径可能存在差异。例如，财务报表中的研发费用可能包括企业内部研发部门的所有支出，而在纳税申报表中可能仅包括符合税收优惠政策规定的研发费用；审计报告中对研发费用的审计范围和重点可能与企业自身的核算范围有所不同，这些都会导致数据不一致。